כשהיה ביילין שר המשפטים הוא יזם את הכנת הצעת חוק הזוגיות - שנועדה לאפשר תחליף לנישואים אזרחיים. ההצעה הפכה לאחת ההצעות הרציניות והמרכזיות בתחום הנישואין והגירושין שהמשיכה להתגלגל ולעלות שוב ושוב על ידי חברי כנסת שונים בקואליציה ובאופוזיציה.
בשנת 1998 יזם יוסי ביילין יחד עם ח"כ אלכס לובוצקי את הכנתה של אמנה חדשה בנושא דת ומדינה המציעה שינויים בסטטוס-קוו, ובנייה מחודשת של מערכת היחסים בין דתיים וחילוניים בישראל. על האמנה חתמו חברי כנסת ואנשי ציבור דתיים וחילוניים.